康熙幼年即位，他所继承的是一个饱经战火摧残、经济凋零、国弱民贫、各股势力对抗、政权不稳的国家基业。为了稳固江山，让清朝走向更加辉煌的盛世，康熙进行了一系列的整治和改革。在擒鳌拜、平三藩之后，他又趁着告捷余威，把注意力转向台湾。
康熙元年（1662年），郑成功驱逐了荷兰侵略者，从荷兰殖民者手中收复了台湾，但仍然用南明永历年号，以明朝遗臣的身份继续同清廷对抗。清朝政府经过数十年的统治，已经完全巩固了其地位，国内满汉之间的民族矛盾也逐渐趋于缓和，郑成功的做法实际上成为阻碍国家走向统一的一股割据势力。早在康熙初年，统一台湾的问题已经提到清朝统治者的议事日程上来。
不久，郑成功去世，其子郑经继位。之后，郑经与其叔父郑世袭为争夺权力发生内讧，政治上越来越走下坡路。清朝由于当时国内棘手问题很多，对台湾还不能以武力压服，只能乘机派使者，企图说服郑成功之子郑经归降清朝。
郑经为了得到喘息的机会，减轻压力，同意与清朝谈判，交出南明皇帝赐给的敕书和印玺。但当清朝要求台湾人众迁回内地，剃发易服时，郑经坚决不同意，提出“请如琉球、朝鲜例，不登岸，不剔发易衣冠”的请求。清廷当然不会答应，致使首次谈判未能成功，双方形成对峙的局面。
郑成功
清廷见招抚不成，就在第二年十月攻占了厦门、金门、铜山（东山岛）等地。郑氏在大陆沿海的主要岛屿都被清军占领，郑经的部队退出厦门，逃奔到台湾。清朝乘胜派舟师出征台湾，却在海上突遇台风，船只沉没，无功而返。次年五月，清军再度出征，又在澎湖附近遇到狂风暴雨，许多船只被摧毁，无奈又只得返回。
当时两岸虽武装对峙，但又都有一定的和平愿望。清廷见两次渡海东征都无功而返，只好又改用和平招抚手段。
康熙六年，清廷派总兵孔元章赴台湾再次谈判，并承诺如果郑经愿意归顺，则册封他为“八闽王”，并让他管辖沿海诸岛。郑经犹豫不决，后以“和议之策不可久，先王之志不可坠”为由，拒绝清朝的招抚。
两年之后，康熙亲政了。他派刑部尚书明珠主持和议，派知府慕天颜入台，宣示招抚之意。这次，清朝廷作出了很大的让步，允许郑氏封藩，世守台湾。而郑经却仍然坚持提出只要能像朝鲜一样不削发，便可以称臣纳贡。康熙答复：“若郑经留恋台湾，不思抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从。朝鲜系从未所有之外国，郑经乃中国之人。”清廷坚持一定要削发，认为不削发就不能表现归顺的诚意。由于在削发问题上互不妥协，这次招抚谈判又失败了。
此后便发生三藩之乱，中原战火弥漫。郑经乘机与吴三桂、耿精忠勾结，发兵攻福建、广东，与清军作战，先后占领厦门与漳州、泉州、潮州、惠州各地。后吴三桂兵败去世，郑经孤军难支，再次退回台湾。
清廷再一次派福建总督姚启圣和副将黄朝用赴台谈判。郑经要求“请照琉球、高丽外国之例，称臣奉贡，奉朝廷正朔，受朝廷封爵”，而康熙则认为：“台湾人皆闽人，不得与琉球、高丽比”。坚决不同意台湾比照琉球、高丽之例。于是，谈判再一次无果而终。
此后，清廷又派人进行了几次谈判，但谈来谈去，终未达成协议。康熙看到和谈不能解决问题，于是决定武力克台，但清廷中反对武力攻取台湾的人很多。
康熙二十二年，郑经病逝。其次子郑克爽监国。郑经的亲信侍卫冯锡范等人为了争夺权力，诱杀了郑经的长子郑克填，扶持郑克爽继位。就这样，台湾地方大权落入冯锡范与刘国轩二人手中。岛上争权夺利，人心十分不稳。
康熙抓住这个机会，决定发动进攻，用武力夺取台湾。但是，台湾地处大海中，波涛万顷，作战需依赖水师，满族将士多生于内陆，不熟悉水战，要想夺取胜利，必须另选将帅，训练士卒。李光地、姚启圣向康熙帝推荐，觉得施琅可当此重任。
施琅，字尊候，号琢公，福建晋江人。早年为明将领郑芝龙（郑成功之父）部下，后随郑芝龙降清。他一贯主张攻取台湾，但因曾是郑氏部属，起初清廷并不信任他，将他安置在北京投闲。后被任命为同安总兵和福建水师提督，施琅在福建与郑氏作战多年，先后率师驻守同安、海澄、厦门。既了解台湾情况，又熟悉水师机宜及海上风涛之变幻，是位有勇有谋的将士，但由于“施琅背郑降清”的做法，使得他成为一个颇有争议的历史人物。
康熙思虑再三，决定起用施琅，授福建水师提督一职。命令施琅于六月十四日率领官兵2万多人，战船200多艘，从铜山出发，向台湾发动进攻。郑克爽则派勇敢善战的刘国轩守澎湖，所率兵将战船与施琅相当。“缘岸筑短墙，置腰铳，环二十余里为壁垒”（《清史稿卷二百六十·施琅传》），两军展开激战，历时七昼夜，两军各有伤亡。
施琅首战不胜，只得暂时退兵，集全军船队于八罩屿。八罩屿一带潮大流急，一遇风暴则舟船难以保全。刘国轩听说施琅军集于八罩屿，不甚欢喜，觉得可以“饮酒以观其败”。谁知八罩屿接连几天都是风平浪静，刘国轩顿感惶恐不已。
二十二日，施琅再次发动进攻。双方自辰时开战，炮火交攻，及其激烈。至巳时，南风忽起，施琅命乘风放火，郑军于是大溃，战船大量被击沉焚毁，死伤12000人，浮尸遍海，一些将士阵前投降，刘国轩仅率残余的31艘船仓皇逃回台湾。
澎湖的失陷引起台湾郑氏当局的极大恐慌。刘国轩逃回台湾后，与部下密议以后的对策，冯锡范主张撤离台湾，迁往吕宋，而刘国轩则认为人心已经背离，倡议归降清朝。与此同时，施琅也积极进行政治争取工作，对被俘的台湾兵将，优礼相待，赏给银米。800多名伤残者医治之后释放回台，令他们宣示招抚之意。
两个月后，郑克爽自觉已无抵抗之力，遂派人至澎湖施琅军前，表示愿削发称臣，但请求仍居台湾。施琅不予同意，郑氏集团无路可退，最后只得修表乞降。七月十九日，施琅派代表抵台湾，郑克爽率刘国轩、冯锡范等迎接。之后，郑克爽下令全岛兵民遵制剃发。二十七日郑克爽郑氏向清军递降表，并缴明延平王册印。自此，台湾得到统一。
郑氏投降之后，康熙并没有为难他们，反而给予了一系列的优待。封郑克爽为公爵，刘国轩为侯爵，其他投降的士兵和民众，或入伍，或归农。郑氏人众俱得到了妥善安置。
在妥善安排归降人员的同时，施琅因平台湾功，封靖海侯，并在台湾采取了安民措施。八月十三日，施琅率军来到台湾，颁布《谕台湾安民示》，提出：“土地既人版图，则人民皆属赤子，保义抚绥，倍加意。”为安定民心，施琅还亲自亲往郑成功之庙焚香祭祀，称其为“开台烈祖”。台湾全局于是归于安定。
在平定台湾郑氏之后，清廷内部对于如何处置台湾这个岛屿发生过分歧。有人认为：台湾“孤悬海外，易薮贼，欲弃之”；也有人说：“海外泥丸，不足为中国加广，裸体文身之番，不足与共守，日费天府金钱于无益，不若徙其人而空其地”。施琅则力主坚守台湾。他认为台湾“虽为外岛，实关四省之要害”，具有巨大的军事意义；如果弃之，必定会被荷兰人重新占据。而且，台湾岛上已“人居稠密，户口繁息”，再进行大规模移民必定造成动荡不安。
康熙皇帝极重视施琅的建议，也十分赞同施琅的意见，曰：“台湾弃取，所关甚大。弃而不守，尤为不可。”在与议政王大臣、大学士和九卿多次商议之后，决定采纳施琅的意见。
康熙二十三年，清廷始设台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，在台湾设总兵官一员、副将两员，兵8000人，分为水陆八营。澎湖设副将一员，兵2000人，分为二营。康熙二十三年春，清朝驻台湾的第一批文武官员全部就职到位，台湾宝岛完全统一于清朝政府管辖之下。
