当时的南明朝廷已经是反攻无力，败局已定，不得不考虑退路了。台湾由荷兰人控制，荷兰距此路远兵力不是很强大，并且台湾和大陆隔着一个海峡可为天然屏障。于是郑成功就攻下台湾，并在那里经营兵马。但是南明朝廷过于无能，没有能够到达台湾就被灭亡了。郑成功没有等来逃亡的皇帝，但是也没有因此就自立当皇帝。而是始终奉大明年号正朔，自己只当一个延平王。郑成功去世后，他的儿子郑经继位，仍奉明朝为正统，不愿归降清廷。知道孙子郑克爽即位，康熙利用降将施琅才攻下台湾。
如果郑成功没有收复台湾，而是和南明朝廷一起被清军灭亡。那么台湾就有可能一直被荷兰人控制，就像英国控制菲律宾一样。到康熙时，即使国力强盛，也不会有心收复台湾。当时清军对于海战仍不擅长，之所以下决心打台湾，主要是台湾是南明残余势力，将来有可能反扑大陆的。如果它是在荷兰人控制，那就是和菲律宾马来西亚一样的国家，除非野心爆棚，不会轻易动兵的。对于康熙来说，宁可在西部北部用兵，先把老毛子镇住再说。因为他的大本营在东北，北方防线是最重要的。
台湾岛上早期土著当然也是大陆过去的，但民俗文化都不相同，他们当时对于大陆政权的认可度也不是太大。所以如果没有郑成功收复台湾，不仅康熙没有兴趣攻打台湾，马关条约也不会割让台湾，国民党也没有机会败逃台湾，我们现在也就没有理由去统一台湾了。台湾即使不在荷兰人手里控制，也会由其他英国法国等控制。日本不大可能，中间还隔着一个琉球国呢。当然日本在吞并琉球后，有可能进一步要吞并台湾，但是英法等国不会同意。极有可能随着近代民族独立运动像马来西亚一样成为一个国家了。
正是因为郑成功收复台湾，诸多南明遗老纷纷败逃台湾，这些人构成现代台湾的所谓本省籍人。国民党败退台湾又带去一大部分人，这是所谓外省人。这两部分构成今天台湾地区的大部分，真正的土著少数民族只占一小部分。这些人大部分都是郑成功之后移民过去的，他们的文化民俗血缘等都和大陆有些斩不断的联系，这是我们今天统一台湾的基础。郑成功对台湾的收复是明朝政府对台湾主权的宣示，康熙收复台湾是对明朝拥有台湾主权的继承，甲午海战失败后清朝政府依据马关条约将台湾割让给日本，二战失败后日本又将台湾还给中国。国民党失败逃到台湾，只是一种地方军阀割据。现在中国政府对台湾，是统一，不是收复。统一是将分裂的东西合在一起，收复是将丢失的东西要回来。所以郑成功是收复，因为此前明朝政府对台湾行使过主权。蒋介石是收复，因为是从日本人手里要回来。康熙和我们现在都是统一，是长期稳固的中央政权对地方割据势力的统一。
在明末清初以前台湾基本上就是中原王朝没有直接纳入行政管理的地区。假如明朝在台湾设置了行政单位，驻扎军队的话，荷兰人也不会那么轻易占领台湾。毕竟明末的中国和西方差距不大，列强当时也不敢小觑。所以个人觉得如果不是郑成功收复台湾，从而在台湾立足，清政府未必会想到去收复台湾。
还一个原因就是郑成功和他的家族虽然离开大陆到了台湾，但是他们反清复明的旗号并没有更改，而且他们一直打着南明永历帝的旗号。永历帝的旗号，那就是前朝余孽，那这对于新兴的大清是不能容忍的。前明还没有灭亡，那我大清合法性何在？
而且台湾郑家一直没有抛弃恢复大陆的意志，清初三藩之乱郑家就派兵在福建登陆协助三藩作乱，这些举动也就更加坚定了康熙要收复台湾的心。假如台湾不收复，始终是清朝的一大隐患
