伊奈忠次，任“备前守”是三河国小岛城主伊奈忠家之子，1563年三河一向一揆爆发，父亲伊奈忠家参与三河一向一揆，而与主君德川家康敌对，三河一向一揆事后遭德川家康镇压后，与父亲伊奈忠家一起流浪。
1575年的长篠之战时候加入德川军，从而得到德川家康的原谅，侍奉德川家，并属于家康嫡子松平信康帐下。然而到了1579松平信康与父亲德川家康对立，最终遭到父亲德川家康杀害，隶属于松平信康帐下的伊奈忠家、忠次父子也再次失势，最终再次出奔流浪它国，并传滞留当时的商业都市堺港。
伊奈忠次
然而峰迴路转，1582年织田信长邀请德川家康入京坐客，德川家康并在之后前往和泉堺港参观，然就在家康于堺港参观的同时，织田信长家臣明智光秀发起谋反杀害主君，而人在堺港的德川家康也危机重重，得知旧主面临危机的伊奈忠次，乃奋不顾身决定加入护卫旧主家康的行列，因而参与德川家康的伊贺穿越的逃难，成功护卫家康回到领地三河国。
事后基于伊贺穿越的护卫之功，再次获得家康原谅，重新成为德川家臣，并恢复旧领继承父亲忠家被剥夺的小岛领，并以文臣能吏身份活跃在高层。
重新成为德川家臣的伊奈忠次，隶属于三远奉行小栗吉忠帐下，以代官文臣的身份，而在内政管理层面活跃，小栗吉忠致仕后，接替小栗吉忠之位而成为三远奉行及代官头，因而成为文臣首席负责主导德川领地内的骏远三三国民政事务。
伊奈忠次的主君德川家康
后来伊奈忠次的主君德川家康臣服于丰臣秀吉，丰臣秀吉并在降伏德川家康、上杉景胜及平定四国、九州后剑指关东的后北条氏，发动小田原征伐，期间丰臣秀吉所率的各国主力军队将行军于德川家康的领地东海道的骏远三三国以进军关东，因此身为三远奉行的伊奈忠次便身负行军所需的道路整备及后勤作业的重责大任。
然而在伊奈忠次的积极帮助之下，丰臣军顺利的经过德川领地，而丰臣秀吉也察觉到三远奉行伊奈忠次的能力，因此企图以1万石高禄收伊奈忠次为自己的直臣。
但是伊奈忠次不愿背叛主君德川家康改仕贰主，因此婉拒了，但即使如此，在丰臣秀吉攻打朝鲜的战争上，伊奈忠次仍以德川家臣的身份，以代官文臣之姿而在后勤作业、兵粮运送等活跃。
企图以1万石俸禄收伊奈忠次为家臣的丰臣秀吉
小田原征伐后，后北条氏灭亡，主君德川家康也被丰臣秀吉下令移封至关东而领相模、武藏、上野、下总、上总及下野西部而在南关东构筑一大势力。德川家康更将其下约百名代官和文官中，以伊奈忠次、大久保长安、彦坂元正及长谷川长纲四人担任代官头，统领代官而成为德川文臣之首。
伊奈忠次也随主家移封，而将封地移往武藏的小室也就是今天的伊奈町及鸿巢一带，并领有1万石。但是德川家康的新领虽然幅员广阔，但是包含小田原征伐在内的战乱，关东经历百年以上的战乱，领内百废待举，而洪灾难之害更是当时关东百姓的梦魇，虽然关东平原河川众多，但是洪灾频传，因此德川家入封关东之后，第一个重大考验，即是整治洪害的问题。
伊奈忠次的封地小室及鸿巢所在地略图
身为德川家文臣之首的代官头的伊奈忠次，便致力于治水及兴修水利，因而改善许多地方的洪灾问题，同时也使的许多地方开发了新田，也因为这样，关东许多地区留有以伊奈忠次官位「备前守」为名的「备前渠」或是「备前堤」的运河、水利设施乃至堤防。
而伊奈忠次最大胆的治水构想，即是利根川改道的治水工程，虽然现在所见的利根川是东流流下霞浦及太平洋，但是在中世的利根川，其实是沿者当时的武藏下总国界，相当于今日的埼玉县、东京都与千叶县交界地区，南下而与江户川平行并流向江户川，而当时的利根川洪灾频传，一旦今日群马县及埼玉县交界所在的中游发生溃堤，甚至连下游的江户都会影响到。
江户时代前与今日的利根川水系流向差异
为了一劳永逸解决水患，伊奈忠次大胆的计划截弯取直，开着权现堂川及修筑中条堤等，改善利根川的洪害。伊奈忠次于16病殁，其次子伊奈忠治继承了伊奈忠次的遗志，以初代关东郡代的身分致力于整治利根川，不但开挖赤堀川将利根川河道东迁，更计画将利根川河道东迁以联结常陆川及霞浦，而此庞大的水利工程，费时多年完成，而形成今日关东的河道水系。
担任代官头的伊奈忠次除了在治水方面活跃外，也在对应寺社、检地及道路整备上活跃，更在关原之战后参与了从江户为起点，直到京都的东海道及中山道之整备，以及传马制等整备，在伊奈忠次也奖励农政，鼓励开发新田，及种植桑木养蚕，乃至制盐等产业的发展，可以说在民政、内政方面全能之文臣。
而德川幕府的关东繁荣，除了幕府的武功派家臣的努力之外，更包含伊奈忠次等的文臣代官的努力而奠定基石。伊奈忠次及其家族担任关东郡代时主导的利根川东迁改道的治水工程，最终也深深的影响者关东地区形成我们今日所认识的关东平原。
