CADD课程学习（10）-- 模拟不同体系与小分子相互作用（MOE）

当前生物分子相互作用体系众多，本部分将对一下体系进行对接模拟拓展，主要包括：

蛋白-多肽、类多肽相互作用金属蛋白-小分子相互作用核酸-小分子相互作用蛋白-小分子共价相互作用小分子-小分子相互作用蛋白蛋白相互作用

MOE界面

设置背景

案例一：蛋白-多肽、类多肽对接

相互作用分析：

下图显示类多肽抑制剂N3与SARS-Cov-2的3CL 蛋白的Gly143，His163，His164，Glu166，Gln189，Thr190形成氢键相互作用，与Cys145形成共价键，与Leu141，Met165，Ala191，Phe140，Met49等形成疏水作用。

案例二：金属蛋白-小分子对接

案例三：蛋白-核酸小分子对接

案例四：蛋白与共价小分子（EGFR）对接

随着人们对共价抑制剂的发现越来越重视，越来越多的软件开始支持共价抑制的虚拟筛选。常用的共价对接软件有CoVDock，MOE，AutoDock4，FITTED，GOLD，ICM-Pro与等。共价抑制剂的典型特征是配体的亲电部分（弹头）和蛋白受体上的亲核残基（主要是半胱氨酸）之间形成化学键。共价抑制剂的反应类型：迈克尔加成、亲核加成，亲核取代反应，开环反应，二硫化物的形成等。

下载EGFR蛋白

上一步改进方法：

案例五：小分子小分子对接

小分子下载

https://crystallography.io/search/name

若没有配体或者不知道位点

方法 一：使用所有位点

方法二：使用软件自带的site finder查找可能的位点