CADD课程学习(10)-- 模拟不同体系与小分子相互作用(MOE)
当前生物分子相互作用体系众多,本部分将对一下体系进行对接模拟拓展,主要包括:
蛋白-多肽、类多肽相互作用金属蛋白-小分子相互作用核酸-小分子相互作用蛋白-小分子共价相互作用小分子-小分子相互作用蛋白蛋白相互作用
MOE界面
设置背景
案例一:蛋白-多肽、类多肽对接
相互作用分析:
下图显示类多肽抑制剂N3与SARS-Cov-2的3CL 蛋白的Gly143,His163,His164,Glu166,Gln189,Thr190形成氢键相互作用,与Cys145形成共价键,与Leu141,Met165,Ala191,Phe140,Met49等形成疏水作用。
案例二:金属蛋白-小分子对接
案例三:蛋白-核酸小分子对接
案例四:蛋白与共价小分子(EGFR)对接
随着人们对共价抑制剂的发现越来越重视,越来越多的软件开始支持共价抑制的虚拟筛选。常用的共价对接软件有CoVDock,MOE,AutoDock4,FITTED,GOLD,ICM-Pro与等。共价抑制剂的典型特征是配体的亲电部分(弹头)和蛋白受体上的亲核残基(主要是半胱氨酸)之间形成化学键。共价抑制剂的反应类型:迈克尔加成、亲核加成,亲核取代反应,开环反应,二硫化物的形成等。下载EGFR蛋白
上一步改进方法:
案例五:小分子小分子对接
小分子下载
https://crystallography.io/search/name
若没有配体或者不知道位点
方法 一:使用所有位点
方法二:使用软件自带的site finder查找可能的位点