背景：多粘菌素作为治疗碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌最后一道防线的抗菌药物，但是目前有研究报道菌株对此类药物的耐药率从5％至> 40％不等。本研究对临床多粘菌耐药（polymyxin-resistant，PR）肺炎克雷伯菌进行了基因组分析以确定PR的分子耐药机制以及多粘菌素暴露与PR发生和传播的关系。
方法：本研究纳入了至88例肺炎克雷伯氏菌患者，并收集了他们人口统计学，抗生素用药情况和感染相关数据。利用全基因组测序对388株病原菌（包括164个PR肺炎克雷伯菌）进行研究。重点探究与PR相关的耐药基因（mgrB，crrAB，phoPQ和pmrAB）的点突变和插入突变情况。同时，本研究还针对所有病原菌进行了肺炎克雷伯菌MLST（ST258，ST17，ST307和ST392）的系统发育树分析。
结果：在PR检测之前，有53/88（60％）患者曾经暴露于多粘菌素。通过多粘菌素耐药相关基因分析，研究者在PR分离物中检测到129个单个基因突变和72个多个基因上的联合突变。这包括多个明显的变化在36％的病人中分离出的PR菌株在PR耐药相关基因上具有多个显着的突变。插入突变仅限于mgrB（P <.001）。多粘菌素的MIC显示随着受影响的PR基因数量的增加而逐步增加（P <.001）。通过群体分析把≥2名患者中分离出的PR菌株进行归类，共计14种类别，其中有10种PR菌株的耐药机制是不尽相同的。
结论：不管是在单个病人还是群体患者中，导致临床出现PR肺炎克雷伯菌分离株的分子机制具有显着的异质性。大部分病人感染多粘菌素耐药株是多粘菌素暴露后产生，而不是从其他地方感染获得。优化多粘菌素的使用是阻止PR肺克传播的关键策略。
临床肺炎克雷伯菌通过多种基因突变方式获得多粘菌素耐药性：一项基于基因组学的回顾性队列研究
