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摘要：近期一篇重磅研究报道发现，剖腹产易致婴儿多种疾病发生，在此笔者建议还是顺产好。来自英国医院出生的596名足月婴儿的1,679个肠道微生物群样本（在新生儿期和婴儿期的几个时间点采集）进行了纵向采样和宏基因组分析。该分析表明，递送方式是影响整个新生儿期和进入婴儿期的肠道微生物群组成的重要因素。并确定了含抗生素抗性的机会性病原体的定植，这是以前未被充分认识的医院分娩危险因素。
图1：新生儿肠道微生物群的发育动态
a，来自3家英国医院（标记为A，B和C）的771名BBS参与者的1,679个肠道微生物群的纵向宏基因组取样。每行对应于主题的时间进程。新生儿期间有566名婴儿被采样，主要是在第4天（n= 310），第7天（n= 532）和第21天（n= 325），以及婴儿时期（8.75±1.98个月） ，n= 302），以及175名匹配的母亲。剖腹产，剖腹产。b，非物质多维尺度（NMDS）细菌β多样性的排序，通过Bray-Curtis物种相对丰度谱之间的不相似性测量（n= 1,679个样品）。
图2：与剖腹产分娩相关的新生儿肠道微生物群的扰动组成和发育
a，条形图显示了与新生儿肠道微生物在第4天的变化相关的临床协变量(n=310人)，第7天(n=532人)，第21天(n=325人)和婴儿期(n=302人)。仅在横断面测试中显示出显着的关联。协变量按抽样年龄组观察到的显着影响的数量排列.解释差异的比例(R2)用PERMANOVA法测定样品间的差异.b在出生第4天、第7天、第21天和婴儿期取样的细菌属的平均相对丰度的纵向变化，在新生儿时期所有样本中的平均相对丰度均在1%以上。阴道分娩，n=310个婴儿的744个样本；剖腹产n=来自281名婴儿的725份样本。
图3：通过剖腹产分娩的婴儿母体微生物菌株的传播中断
a，母婴对中母体微生物菌株的早期和晚期传播（阴道分娩婴儿35对，剖腹产婴儿24对），在新生儿（早期）和婴儿期（晚期）进行纵向取样。仅显示了在10对以上的应变分析中具有足够覆盖率的经常共享的物种。b，c，B. vulgatus（b）和B. longum母本菌株的传播事件（c随着时间的推移，通过剖腹产分娩的阴道分娩的婴儿和婴儿。在每排母婴配对样品中，每个圆圈代表可检测的菌株，其与母体菌株相同（填充）或不同（中空）。在行中，相同的菌株或者通过实线（其代表早期传播和持久性到婴儿期）或虚线（其指示晚期传播）连接。
图4：通过剖腹产手术和多种机会致病菌传播的婴儿的广泛和频繁的定植
a，与阴道分娩的婴儿（n= 606个样本）相比，通过剖腹产（n= 596个样本）分娩的6个机会致病菌种的平均相对丰度和频率（> 1％平均相对丰度）生命的前21天，在母亲一级的运输（n= 175个人）的背景下。误差棒表示平均相对丰度的95％置信区间。意义（P通过双侧Wilcoxon符号秩检验和Fisher精确检验分别确定阴道分娩或通过剖腹产分娩的婴儿的平均相对丰度和组合病原体携带频率的差异。b，从原始粪便样品培养的836种细菌分离物的系统发育代表，包括从5个主要属：肠球菌属中分离的上述6种机会致病菌种。（红色，n= 451株）;Clostridiumspp。（黄色，n= 24个分离株）;克雷伯氏菌属（蓝色，n= 235个分离株），肠杆菌属。（绿色，n= 52株分离物）和埃希氏菌属。（紫色，n= 41株）。Ç，系统发育粪肠球菌分离物的BBS（Ñ= 282分离株）在公共的上下文从英国医院分离株（Ñ= 168隔离），人肠道菌群（Ñ= 28个分离物）和环境来源（Ñ= 27个分离株）高风险的英国流行谱系分支用蓝色染色。中点根最大似然树基于1,656个核心基因中的单核苷酸多态性。d，BBS集合中肠杆菌-克雷伯氏菌复合体的多样性菌株群（在英国医院（n= 604），人类肠道微生物群（n= 37）和环境菌株（n= 120）的背景下，n= 202个分离株。
方法介绍：Shotgun宏基因组测序和分析
通过PicoGreen dsDNA测定（Thermo Fisher）定量DNA样品，包括阴性对照，并且具有> 100ng DNA材料的样品在HiSeq 2500 v4平台上进行配对末端（2×125bp）宏基因组测序。修剪低质量碱基（SLIDINGWINDOW：4：20），使用Trimmomatic35除去长度低于87个核苷酸（原始读取长度的70％）的读数（MINLEN：87）。为了去除潜在的人类污染物，使用Bowtie2 v.2.3.0对人类基因组（GRCh38）筛选质量调整的读数36。平均而言，每个样品产生22.4（95％置信区间22.1-22.6）百万个原始读数。每个样品有19.3（95％置信区间19.1-19.6）百万读数（87.3％的原始读数），通过去污和质量修剪步骤进行下游分析。测序深度被认为是微生物群物种和菌株测量分析的潜在技术混杂因素，以及与临床协变量有关的重要物种（补充说明6）。使用Kraken v.1.037进行来自宏基因组读数的分类学分类，该基于k-mer的序列分类方法针对人胃肠细菌基因组收集38的基因组。布拉肯v.1.039在Kraken分类输出上运行以估计物种水平的分类丰度。通过相对丰度比较宏基因组样品的属和种类水平。应用100个Kraken指定的配对末端读数的截断值（对应于0.001％的相对丰度，给定约1000万个配对末端读数的取样深度）以确定宏基因组物种检测。为了评估观察到的拟杆菌和机会致病菌水平之间的权衡是否是组成效应的假象，对应于拟杆菌的丰度和读数的比例在相对丰度归一化之前，分别去除。在标准化数据集中，通过剖腹产分娩的婴儿机会性病原体物种的统计富集与原始数据的观察结果一致。R包装phyloseq40和微生物组41用于宏基因组数据分析，并且使用RStudio中的ggplot242显现结果。
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