本期接着上期内容，继续给大家介绍基于MS/MS的数据非依赖法非标记定量蛋白质组学蛋白质互作分析。
利用MS3分析过程中产物离子的后续碎片化对SRM方法进行扩展。这一方法可用于增强目标化合物的选择性。MS3在降低Fortin等人所述的肽分析检测限方面发挥了巨大作用。然而，该方法的使用也存在一些限制，执行MS3扫描所需的时间减少了可监测的肽的数量和/或LC峰上的点的数量，且分析时间比SRM基本分析所需的时间要长。
SRM方法的限制是对建立方法的要求，即选择要监测的最佳过渡。为了促进分析的发展，有越来越多的资源可以帮助个体研究人员在更快的时间内选择转换，包括收集从实验鸟枪数据和合成肽分析中获得的光谱库。这些资源是SRM分析的参考资料，支持跨平台和样本类型更快的实现。然而，合成文库的性质使得蛋白质的覆盖范围有所限制，一般是每个蛋白质4或5个肽。这通常适用于蛋白质丰度的量化，但不适用于特定异构体或翻译后修饰形式的分析，从而限制了当前可用库的充分利用。
目前，SRM已被扩展到具有高分辨率第二质量分析仪的现代仪器中，这些仪器可为所有目标化合物收集完整的MS/MS光谱，并可在采集后识别可能的碎片离子干扰，这些干扰可通过使用四极杆质量分辨率来掩盖（图例）。高分辨率的使用提供了一种比经典SRM具有更高特异性的方法，还降低了分析时间，因为只需选择目标肽的母体质量，并且可在一次分析中检测到所有片段离子和干扰。这种方法的普遍适用性也存在一定限制因素：直到现在还无法在高分辨率SRM测量中安排肽的分析，这大大限制了在单个分析中可以测量到的离子数量。在高分辨率模式下，复杂样品的检测限比MS1方法的要好，但不如经典的SRM。尽管在可预见的未来，经典SRM的灵敏度可能仍会优于高分辨率SRM，但后者的易用性是将此技术定位为执行经典SRM的铺垫的一个重要因素。
图例. 高分辨率SRM的示意图和使用高分辨率提取的改进离子选择。与SRM的情况一样，在第一质量选择四极体中过滤母体离子，并通过碰撞诱导碎片（a）在碰撞单元中碎片化，图中显示了一个TOF分析仪，其中所有产物离子的测量分辨率均大于20000。从得到的光谱（由阴影框描绘）中提取窄窗小于0.05amu的离子可提供高分辨率的XICs，无干扰。
文献参考：Stephen Tate. et al, Label-free quantitative proteomics trends for protein-protein interactions, Journal of Proteomics, .
本文由百泰派克生物科技整理编辑。百泰派克生物科技专注于基于质谱的蛋白质组学服务，结合亲和纯化与Label-free、SILAC或SWATH定量技术，百泰派克生物科技开发了一系列蛋白质组研究策略，其灵敏度高、重复性好，非常适合蛋白质相互作用的研究。
