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北大谢晓亮组又更新了他们的单细胞全基因组扩展方法

时间:2021-05-22 20:39:23

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北大谢晓亮组又更新了他们的单细胞全基因组扩展方法

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最近看单细胞相关文献比较多, 所以朋友们也开始帮我留意相关的进展了,其实单细胞本身只是一个测序技术,可以利用在不同的组学研究里面,目前就是转录组和基因组的测序应用单细胞技术比较多。

其中基因组的单细胞之前比较流行的是3种单细胞扩增技术MDA,MALBAC, DOP-PCR,全称分别如下:

degenerate oligonucleotide– primed polymerase chain reaction (DOP-PCR)

Multiple-displacement amplification (MDA)

Multiple annealing and looping-based amplification cycles (MALBAC)

其中,MALBAC就是北大谢晓亮组开发的,今年()的3月,他们又更新了他们的单细胞全基因组扩展方法,Transposon Insertion (LIANTI)

主要就是设计了一个叫做LIANTI transposon的东西,本质上就是个转座子(含有Tn5),可以随机插入到基因组的任何地方,但是它有一个小特点,就是自带T7 promoter,这样被LIANTI transposon插入的片段都可以被转录啦!

Genomic DNA fragments tagged by T7 promoters are linearly amplified into thousands of copies of RNAs through in vitro transcription, followed by re- verse transcription and second-strand synthesis into double-stranded LIANTI amplicons ready for DNA library preparation.

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