学科建设是医院发展与改革的“永恒”主题，是医院竞争力的关键所在。长期以来，赣州市立医院高度重视学科建设，通过加大引才力度、加强员工进修培训、鼓励开展新技术、新项目，积极申报科研课题及发表论文等，全院上下齐心协力，稳步推进学科建设能力。目前，该院烧伤创面修复中心、胸痛中心、卒中中心、耳鼻喉科、风湿免疫科及康复科等正逐步形成学科特色，学科能力日益突显。
该院通过实施“靠大联强”战略，解放思想，借助外力推动自身发展，加强与省内外大医院合作，与北京301医院、天坛医院、中日友好医院、海军军医大学附属长海医院、复旦大学附属华山医院等22家医院或科室建立了协作关系。通过不断深化合作，医院积极开展多项新技术，填补了多项技术上的空白。借助国家医改政策，加入了31个专科医联体或专科联盟，及时接收国内外医疗技术新动态，把握学科发展方向。
该院心血管内科、心胸外科是赣州市第一周期医学领先学科，率先在赣州市开展了冠状动脉造影术、体外循环心内直视手术、冠状动脉搭桥术、射频消融术、支架植入术等。胃肠外科为是赣州市第二周期医学领先学科。近5年来，获省级课题立项15项，市级课题151项。
5月，该院聘请了中国工程院夏照帆院士建立了“夏照帆院士工作站”，工作站的建立，除了完成临床救治工作外，还承担着赣州市及周边地区烧创伤患者的救治工作，开展烧创伤的基础和临床研究工作，开创了慢性创面学科，获得地方政府和患者赞誉，已形成医院的品牌学科。，烧伤整形创面修复外科获得“全省医师优秀团队”称号。
今年4月，由赣州市立医院承办的赣州市卒中急救地图发布会顺利召开，邀请了原卫生部副部长、中国工程院王陇德院士参会，本次发布会加快了区域各卒中中心规范化建设，初步打造区域“1小时黄金救治圈”，该院卒中中心成为国家高级卒中中心建设单位及赣州市卒中急救地图管理单位。
至今，赣州市立医院获得“赣州市卫生系统第三周期第二批学术和技术带头人”1人，“学术和技术带头人培养对象人”2人，“优秀青年医学人才培养对象”8人。各学科建设你追我赶的局面正在形成。
