为换取美国支持，蔡英文早前不顾民意反对，甘冒损害岛内民众健康的风险，宣布开放含瘦肉精的美猪美牛进口。虽然蔡英文辩解称，“现在时空环境已经改变，开放美猪美牛可以同步促进‘台美关系’的推进”，但此举还是导致岛内民怨沸腾。
岛内业界人士批评，台当局在开放前完全没有与业界人士讨论，业界一无所悉，根本先斩后奏，如果贸然开放，不排除赴台卫生部门和农业部门发动抗议。连民进党民意代表也反对蔡英文的做法，表示因为民进党过去在议题上的反对，都会被摊开来检视，还是希望能以台湾民众的福祉为优先考虑。
此外，岛内《美丽岛电子报》公布的民调结果显示，有高达74%的民众并不认同台当局将开放进口含有瘦肉精的美国猪肉作为签订“台美经贸协议”的条件，而且近半数民众对此抱持强烈否定的态度。《TVBS民调》公布的民调结果也显示，有64%的民众表示不赞成开放瘦肉精美猪，仅22%表示同意。
事实上，对于蔡英文而言，坏消息还不止于此。就在近日，就蔡英文开放含瘦肉精的美猪美牛一事，国民党也罕见采取集体行动。据环球网9月14日报道，国民党12日在全台发动“反瘦肉精美猪”公投联署。国民党主席江启臣在当天的活动上把矛头对准蔡英文，批评蔡英文以一纸行政命令就要在明年元旦开放美猪进口，呼吁全台民众共同捍卫自己的健康。
“反瘦肉精美猪”公投联署得到了国民党领导下的各县市的积极响应。国民党前民意代表沈智慧12日在台中市北屯服务处发起联署“拒绝美猪牛肉扣关”；国民党屏东县党部也在屏东市建国市场大声疾呼，号召民众一起来参与联署进行反制；嘉义市市长黄敏惠在接受采访时直言，看到民怨沸腾同时，必须凝聚大家的力量，让民进党当局知道，台湾民众不容许有害健康的任何食品进到台湾来。
