一、败育果多，大果少或花而不实
芒果经过催花，谢花后往往败育果特别多，正常授粉发育的大果少。据观察，一般9~10月扬花的大果多，11月底、12月、翌年1月扬花的往往大果少、败育果多，有些年份在这时间段扬花的和败育果都少，或花旺但不坐果，出现花而不实的现象，而往往在2月份扬花的大果又多了。据观察分析，控梢催花后，坐果率与空气湿度有直接关系，若扬花期空气湿度高，则坐果率高，且大果多；反之，坐果率低，且败育果多。就是光照很好也没用，往往空气湿度低于80％时败育果多，湿度越低坐果率越低。由于9~10月，海南的雨季和台风季尚未结束，空气湿度较高，这两个月扬花的坐果率高、大果多，进入11月以后扬花的败育果多，因此海南反季节生产的芒果败育果多、大果少。在2月份上市的芒果往往大果单价比小果高，败育果保果壮果的成本高，需要不断喷植物生长调节剂促长，但价格却比大果低。近些年来，败育果多的问题已成了海南芒果反季节栽培的困局。提高坐果率，特别是提高大果率，是海南芒果反季节栽培高产、稳产的重要措施。
二、植物生长调节剂的不合理使用
果农为了达到控梢控长势的目的，对根部和叶面加大多效唑、乙烯利用量，易造成土壤残留增加，芒果生长树势差，树皮干裂，梢短缩或不出梢，叶片皱缩畸形，团花和果实发育不良。
芒果生产多喷施 GA3 （赤霉素）、6-BA（细胞分裂素）、 CPPU （氯吡苯脲）和 TDZ （噻重氮苯基脲）等植物生长调节剂促进果实膨大。特别是在果实败增加、小果率高的情况下，通过叶面喷施调节剂保果壮果是多数果农的主要手段。由于缺乏科学认识，经常随意加大使用浓度、使用次数或进行不合理混用，导致近年来因植物生长调节剂使用不当造成药害而遭受经济损失的事件时有发生。如3月不少贵妃芒种植者使用 CP - PU 不当造成芒果不能正常后熟；~生产季，三亚、乐东部分果园因 TDZ 使用不当造成芒果异常落果，有些果园甚至绝收。
三、树体早衰
由于不规范使用生长抑制剂、树体过度负载，以及在栽培管理上过度依赖化肥，极少使用农家肥、绿肥等有机肥，造成土壤有机质含量严重下降、土壤肥力低，相当部分果园的芒果树体早衰现象严重，影响果实品质。
四、果实采嫩果
果实早采已是各芒果产区普遍存在的问题，但生产特早熟芒果的海南产区由于高额的利润诱惑，果农希望卖早果的心理更严重一些，也更不容易控制。因为各家各户控梢促花的时间不一致，所以成熟期也就不一致。另外，目前的销售模式使得政府在芒果交易过程中对其果实品质监管困难，只能寄希望于生产者自律。
五、基础设施建设严重滞后
海南省目前芒果园的道路系统、排灌系统、防风、采收和采后处理加工、包装、贮藏、运输等基础设施还很简陋。农户基本没有这些基础设施，露天作业，专业户、小企业多为临时性设施，几家大企业设施也很不完善。在保鲜包装环节上，多数果园包装不规范。收获前期芒果采摘一般要能够顺利催熟才能基本保证芒果质量，而未熟先摘的现象仍然较为普遍，影响口感，对未来海南芒果在市场上的品牌质量造成一定的负面影响。
