北京长沟泉水国家湿地公园以有效保护首都西南生态脆弱区罕见的淡水泉资源与京津冀海河流域上游水源地生态系统为根本目的，以国家湿地公园为载体，以潜水汇集而成的泉水补给型湿地生态系统完整性和生物多样性的保护恢复为核心，打造具有重要保护湿地生态系统的典范。
其核心定位是打造华北罕见淡水泉沼泽湿地生态系统保育功能区、首都西南生态脆弱区泉水补给型湿地保护恢复示范区、京津冀海河流域上游水源地生态与环境安全的重要保障、稻田湿地生态系统与悠久稻作文化完美融合的典范。
通过对湿地资源的科学保护恢复及合理利用，将北京长沟泉水国家湿地公园的建设成为泉水资源保护、湿地生态系统保护、生物多样性保护恢复、传承悠久历史文化、科普教育、休闲观光于一体的国家湿地公园。
