首先，从传播角度来说，《名侦探柯南》明显就要比《金田一少年事件簿》成功，如今《名侦探柯南》已经有一千多话了，还远没有达到完结，并且每一两年就有一部剧场版上映。而主角的小孩形象，也让《名侦探柯南》传播甚远，横跨多个年龄段的观众。
从推理的严谨程度上来看，《金田一少年事件簿》就要比《名侦探柯南》更为出色了，也更为的写实了，可以算得上是推理漫画的一个经典，这也是为什么《金田一少年事件簿》能够出现多部真人改编电影。
其次要从商业角度和剧情角度两个方面来说
先说商业角度，《名侦探柯南》在商业方面自然是要比《金田一少年事件簿》成功，柯南的 TV 动画是日本的国民级作品每周都在播出，而《金田一少年事件簿》除了最开始的 TV 动画外，这两年又有一部《金田一少年事件簿 R》，但就人气和收视来说已经没法和柯南相提并论。柯南 TV 动画的常年播出以及每年一部的剧场版动画，让粉丝群体从老到少基础广泛，多年来持续的联动以及周边销售，也是洗了一波又一波的粉丝。而金田一现在只能是吸引比较核心的观众和读者来看动画与漫画。从商业角度来讲是柯南胜。
而从剧情，准确来说案情角度来讲，我认为是金田一更胜一筹，大家现在普遍想到柯南最恐怖的案件都是集中在连载的早期，例如月光奏鸣曲杀人事件、山庄绷带怪人杀人事件、天狗传说杀人事件、图书馆杀人事件等等，青山刚昌在柯南漫画连载早期走的都是本格推理风的故事，也就是暴风雪山庄模式，在一个封闭的环境下，警察难以进入，没有高科技的侦测设备，凶手就在身边。柯南初期的故事从作案动机上讲有社会派推理的味道，一些杀人犯的故事往往折射的是社会现实。而杀人手法尤其是在密室诡计构造上也十分精彩。
但是柯南漫画随着长期连载，就不可避免的套路化，漫画里还好一些犯案诡计设计的还出彩，但是在动画里现在真是变成了科幻探案剧了。故事也是越来越散，这一两年才重新在动画和漫画中把剧情拉回到与黑衣组织较量的主线上来。
柯南的感情戏反而比破案戏好看
柯南连载的时间长，动画播出的时间长，所以就造成了登场角色变多故事变得分散，已经从原来的侦探推理漫画变成了，言情侦探推理科幻搞笑漫画，如果为来柯南漫画要完结的话，青山本人将要解决很多角色的关系和剧情，也是比较棘手
而在金田一的漫画里，登场的角色是相当固定的，主要就是金田一、美雪、剑持警部、明智警视，再加上一个最终 BOSS 高远遥一。金田一的漫画也连载了20多年，但每起案件包括一些短篇故事中的案件，都是一直坚守本格推理，每个案件都会有全新的犯案诡计，以及悲伤或者令人深思的案件背后的故事与动机，所以金田一的剧情一直吸引人，每个案件渲染的恐怖气氛以及体现的人性扭曲都十分精彩。
推荐可以看看金田一的《绞首学园杀人事件》、《天草财宝传说杀人事件》、《狱门塾杀人事件》、《香港九龙财宝杀人事件》、《 人偶岛杀人事件》每个案件都是让人看的汗毛倒立（配图中的异人馆村杀人事件基本是抄袭占星术魔法杀人事件，所以这是金田一漫画目前最大的污点，少年包青天也抄过这个案件的核心诡计）、柯南的剧情越来越散，而金田一倒是因为这么多年动画断档再加上时不时的休刊，反而让剧情更加专注在侦探推理这件事请上。所以剧情上是金田一胜
柯南的知识面太广，可以说是无所不知无所无所不晓，加之柯南的推理破案模式基本上是自圆其说，推理前并没有将证据线索放在台面上。所以在这种情况下柯南是立于不败的，反正都是作者说了算，一切的问题作者都能以柯南之口用各种知识来为观众解答。反观金田一的推理过程，属于排除误导向证据的推理，所有证据线索都摆在台面上，能让观众如同身临其境一般与主角一同进行推理。
严格意义上来看，柯南并不能算是真正的侦探推理动漫，因为所有的线索和谜底在柯南这个“维基百科”面前都是那么的理所当然，基本上没有观众介入的余地，只是单纯的在听“柯南”陈述一件又一件的故事而已！
