在共治正负提供的丰厚的条件下，贸易联盟也同意了，共治正负可以在贸易联盟的势力范围内探寻旧世界存留下来的病毒，然而贸易联盟不知道的是，这只是共治正负接近明日大陆的障眼法。
贸易联盟的同意，在明日大陆引起了轩然大波，幸存者对共治正负视如敝屣，当初共治正负对我们置之不顾、视如草芥，如今回来必然另有企图，纷纷要求贸易联盟收回承诺。然而贸易联盟并没有把这当一回事，并提出我们应该不念旧恶，求之于势，不责于人，而且我们还需要他们的帮助。并且声称，你们大可放心，若万一真的心存不轨，贸易联盟绝对能保护大家的安全，并让幸存者好生修炼，实力才是硬道理。
贸易联盟安若泰山，究竟是贸易联盟太过年轻，还是对共治正负了如指掌？幸存者们对此一头雾水，完全摸不着头脑，不知贸易联盟卖什么关子，但有些幸存者依旧抵触共治正负。而共治正负为了更加顺利的登陆西陆平原，宣布与海姆达尔生物公司合并，改名“方舟科技会”。
纪历1084年6月14日，事情意外突变，没等科技会登岸，自由贸易联盟的404营地和704营地一夜之间被毁，当联盟总部派人前去查看，两个营地里面没有一人生还，一片废墟，到处都是被破坏的痕迹，而且没有留下任何线索，然而没等自由贸易联盟搞明白这到底是怎么一回事 。钢铁入侵，北方帝国出兵南下，开始大举进攻自由贸易联盟，贸易联盟仅仅只剩下快乐101营地，想要抵挡北方帝国的入侵，那也只是痴人说梦话。
永远404营地和远星704营地神秘消失，轰动了整个明日大陆，这件事被闹得沸沸扬扬，曾经自由贸易联盟夸下海口说可以保护幸存者的周全，如今一夜之间消失了两大营地，却连一点线索都没找到。加上北方帝国出兵南下，现在明日大陆人心惶惶，没人知道这究竟是什么力量，一夜之间能毁灭这两大营地，更不敢暗自猜测，想到这不禁让人毛骨悚然，然而现在最大的危机是北方帝国，404营地和704营地的毁灭是否跟北方帝国有联系？
方舟上的共治正负也极为吃惊，不，现在应该叫:方舟科技会。方舟科技会清楚，贸易联盟是不可能抵挡住北方帝国的，如今只剩下一个快乐101营地，想要抵挡住北方帝国简直是天方夜谭。若是被北方帝国取而代之，恐怕他们连登岸的机会都没有，只有先保住自由贸易联盟，他们才有机会，科技会连忙采取了最紧急的措施，增援贸易联盟，派遣最新研发的陆行车，虽然有了科技会的陆行车，但远水救不了近火，贸易联盟也只能勉强守住快乐101的大门，战斗进入了胶着阶段。
同年6月16日，正所谓福无双至，祸不单行。就在贸易联盟跟北方帝国交战的第二天，南陆平原再次传来了噩耗，曾经备受打压的教会，再度趁乱崛起，在南陆平原招引了一批教徒，占领了茅斯沼泽，而且经常在密斯卡大学出现，传输神至上理论，供奉神，旧世界的信仰抚慰着末日后的难民和幸存者，为他们重建精神家园。而贸易联盟和北方帝国打的不可开交，根本顾不上南陆平原的教会。
联盟营地的神秘消失，北方帝国出兵南下，科技会的支援，教会的突然崛起，世界格局再次发生变化。联盟是否能抵挡住北方帝国的进攻？科技会的阴谋？404营地和704营地究竟是被谁毁灭的？是否跟北方帝国有联系？最大的嫌疑教会？贸易联盟背后的势力！
