电影一开始，便是一场猝不及防的遭遇站。李教官率领的教导队，只剩下十几个人了。他们正在奉命撤出城外。在即将出城的最后一刻，遭遇到了追逐女学生的一对日本军队。打还是不打？打就意味着全军覆没，不打，就会眼睁睁看着学生变成被日本兵强奸的对象，或者枪下亡魂。李教官似乎连多余的犹豫都没有，就下令开枪了。这场战争，打得异常惨烈。当大队的日本兵出现，开着坦克横冲直撞过来的时候，中国军队的选择就只剩下了一个：以血肉之躯，暂时阻挡住日军的速度，为学生们赢得逃生的机会。
中国军队的表现，并不丢脸。虽为残部，但他们扔迅速从侧翼、房顶，进行了坚决的抵抗。剩下的几个人，则排成竖的一字，冲向敌军，前面的人以血肉之躯挡住子弹，为后面的人赢得接近敌军坦克的机会。看着他们一个一个倒下，我的眼开始变得湿润。当最后一个人，终于接近坦克，在倒下的一瞬间，拉响手榴弹，炸飞坦克的时候，我的泪就开始冲出眼眶了。这场遭遇战，让我感动的地方，不仅仅在于我们的军人没有退缩，以鲜血和勇气，写下了对这个国家的爱。更重要的是，我终于在战场上看到了正面抵抗的中国人——我们终于承认了的兄弟，国军。这么多年来，我耳熟能详的，是打一枪换一个位置的地道战，打一会跑到没影子的游击战。我一直以为，中国的抗战，就是以这种方式打胜利的。今天，才看到，其实这场战争，是我们那个背了几十年骂名的兄弟，流的鲜血更多。
后面，唯一活着的军人李教官，还有一段单独的狙击战。他的智慧和勇气，为解救学生，赢得了机会。这段，也看得我双眼湿润，满腹心酸。这种感动和心酸，不是因为情节煽情，而是因为它的真实与残酷。开场的这场战争，一下子，就将我们的心，还有灵魂，拉入了当年的那场战争中，并将它们赤裸裸，置于日寇锋利的刺刀下。荧幕前的我们，开始随电影里的灵魂一起，挣扎，煎熬。接下去，三拨人，开始陆续到达教堂：教会里读书的女学生，入殓师美国人约翰，秦淮河的风尘女子。这是三个世界的人，在太平盛世，或者正常的情况下，他们的命运是没有机会交叉在一起的。但在战争年代，在那个一切时序都打乱了，整个世界没有一个安全角落的年代，他们就这样，猝不及防地，撞在了一起。
先说女学生。在此之前，她们的世界是白的，纯洁到不沾一丝土。最典型的代表，是书娟。她应该出生于有钱人家， 冰雪聪明 ，又骄傲。所以，不管是邋遢的约翰，还是秦淮河的妓女们，她其实是看不上眼的，也不屑于多打交道。唯一让她觉得难以抬起头的，是她父亲承诺了给同学们买船票，将大家送出去。可是，她父亲食言了。而且，就因为同学们对她的信任，所以她们错失了逃出去的机会。但仅此一项，足可以将她从云端，打入尘土。而约翰，则只是个想发财的混混，其气质与心态，接近于乔治嘴里二流子。他来教堂，只想赚钱。同时，还想在不期而遇的十四个女子里，寻一段艳福。
秦淮河上的十四个风尘女子，为避战乱，躲到了教堂来。不过任何时候，她们在别人眼里，都是一群没有人情，没有尊严，灵魂肮脏的一群人。是的，她们是一群靠出卖肉体而苟活的人。其实她们自己也这样看。所以，在地窖里，她们没有太多需要顾及的东西，可以立即摆开麻将，将教堂，变成散发着秦淮河气息的风月场但一切因日本人的闯入，改变。学生们想进入地窖。但地窖里有十四个秦淮女子。日本兵追得太近，如果她们进入地窖，势必暴露里面的十四个人。书娟看了一眼地窖，最后带领女学生跑到了楼上。这个决定，救了地窖里的人，却将灾祸引到了自己身上。日本兵到处抓女学生，一个女学生在挣扎时，从楼上掉下，摔死了。在一切看似无望，学生们即将被强奸的关键时刻，李教官在教堂对面的单独狙击，引开了敌人，救了她们。
这是这个从未经历过苦难的学生们，所经历的第一次人性拷问。而这次，将会伴随她们，一直到老。也将可能在未来，她们的内疚中，起到稍许的补偿和平衡作用。本来是事不关己，只想发财的约翰，看着学生死在自己的面前，开始挺身而出，保护她们。这是这个教堂里，贪婪自私的人，经历的第一次嬗变。当日本军官长谷川抵达，并派兵驻守教堂的时候，一切似乎开始向好的方向发展。但教堂里的人们却不知，学生们其实已经是被围起来的礼物，只是等待被猎而已。地窖里，李教官留下的受伤小孩浦生的痛苦，激起了豆蔻的同情。她将他像弟弟一样，精心照顾。
这是这个教堂里，之前看似肮脏的灵魂，第一次开始升华。当浦生病重，似乎活不了多久的时候，豆蔻偷偷溜出去，找琵琶弦。她想在浦生临死前，给他谈一曲《秦淮景》。这是这个教堂里，肮脏灵魂们的第二次升华。因担心豆蔻安危，玉墨求约翰去找豆蔻。约翰在推辞和挣扎后，出去找豆蔻。最后，却看到的是被轮奸后，刺死在椅子上的豆蔻尸体。约翰只拿回了带血的琴弦，告诉玉墨，豆蔻中流弹死了。这次，是这位贪婪自私的人，经历的第二次嬗变。
当大家最终都清楚，女学生们最终都得赴日军设的庆功宴。书娟组织大家跳楼，被秦淮河的女子们劝下来。经过争论后，她们最终答应，代替女学生们，集体赴会。这是这群肮脏灵魂们的第三次升华。此时，她们的灵魂已经变得高贵、无私，比世界上，最高贵的灵魂还要高贵。过去只为死人化妆的约翰，为了这次无私的拯救，给秦淮女子们认真化妆。此时，他化的其实不是妆，他是在擦拭那些高贵灵魂表面的尘土。当他擦拭完，将她们全部还原到最最清纯的样子的时候，约翰也完成了他的第三次嬗变。这里面，还有不该漏掉的第十三钗——男扮女装的小男孩乔治。这个忠实旅行神父交待的任务——照顾好女学生们——的小男孩，一直内疚，觉得没有照顾好她们。此时，他终于有了一个机会——代替女学生赴会。他知道，此去无回。但他毫不畏惧，也不回头，就那样潇洒地去了。日军的车开走了，他们带走的，不是一群沦落风尘的女子和一个女扮男装的男孩，而是一群纤尘不染的灵
