舟山海岛特色旅游小镇旅游资源丰富多样，海岛特色突出，如桃花侠岛小镇，被评为“国家级特色景观旅游名镇”，自然资源丰富多彩，集山、石、岩、礁、花、鸟、林、寺、庙、庵、神话传说、军事遗迹于一体，全岛分为六大景区，分别是安期峰景区、塔湾金沙、桃花峪景区、射雕英雄传旅游城、桃花港景带、悬鹁鸪岛景区，舟山嵊泗县菜园镇的“嵊泗离岛·十里金滩特色小镇”，这里有被称为佛教圣地的大悲山、六井潭、花鸟灯塔、基湖沙滩和南长涂沙滩，沙滩景区旅游设施和服务功能不断健全，但近年来，舟山海岛特色旅游小镇的建设正在如火如荼地进行，但在具体建设过程中存在不少问题与不足，需要引起我们的高度重视。
舟山海岛特色旅游小镇的政策支持体系还不完善
通过查阅相关资料和实地调查，发现有的舟山海岛特色旅游小镇规划布局不合理，小镇的土地政策、税收政策以及产业扶持政策还不完善，有的地方存在安全隐患，人才结构还不够合理，缺乏促进服务业发展的高端人才，尤其近几年舟山大力推动特色旅游小镇发展，缺少促进金融保险、海事服务、研发设计、信息服务、中介咨询、编制地理信息等服务业和特色产业发展的高层次人才，舟山海岛特色旅游小镇的公共基础设施还不完善，如当地居民希望增加或改造公厕、托老所、文化活动室等公共场所。
舟山海岛特色旅游小镇特色不够鲜明
舟山海岛特色旅游小镇在政策大力支持的背景下，迅速进入了建设热潮，但有的海岛特色旅游小镇没有从实际出发，急简单地复制粘贴其他小镇的建设模式，因此，很多小镇出现了风格雷同、千镇一面的现象，旅游形式单一，尚未形成独具特色的海岛旅游小镇，首先，很多海岛小镇的建筑外表不美观，内部结构也比较简单，千篇一律的钢筋混凝土，建筑特色不够鲜明，缺乏海岛特有的韵味，没有和当地环境相融合，给人一种不协调的感觉，有的海岛小镇模仿的是希腊、西班牙、地中海的设计、装修风格，缺乏了舟山原汁原味的本土风情。
舟山海岛特色旅游小镇从业人员素质良莠不齐
舟山海岛小镇的建设和发展带动了当地商业的发展，增加了当地居民的收入，但出现了不和谐的一面，小镇大部分从业人员都是当地的居民，受教育程度不高，普通话发音不标准，也没有经过专业的培训，因此有的从业人员职业道德素养低下，文化素质比较落后，从而造成环境、卫生、服务以及交流等方面都落后的现象，部分住宿经营者没有考虑长远发展，存在旅游旺季临时涨价的现象，住宿条件不达标，经营者卫生意识不强，没有对被褥进行及时清洗消毒，个别海鲜大排档出现欺客宰客现象，如货不对板、缺斤少两、菜价昂贵，甚至态度恶劣，还有的售票处离景区比较远，景区门票和小交通分开售票，使游客困扰重重。
舟山海岛特色旅游小镇生态环境问题
舟山海岛旅游正在大力发展，对特色旅游小镇的打造也加快了步伐，有的海岛小镇缺乏对特色旅游小镇绿色建筑设计和生态设计的系统研究，一方面海洋垃圾也越来越多，塑料袋、塑料瓶和其他垃圾被随手扔进大海，海洋环境受到了污染，导致海龟、海狮、鲨鱼、海豚等海洋动物的死亡，海洋生态系统逐渐遭到破坏，另一方面，有的海岛小镇的游客人数已经超过自身能承受的最大值，使小镇生态环境的承受力加大，拥挤不堪影响了小镇正常运营，当地居民的正常生活也受到干扰，游客的心情也会受到影响，对小镇的满意度就会降低，由于海洋生态系统自我调节能力有限，生态环境脆弱，所以被破坏后很难恢复成原样。
还有很多其他的问题，其一，当地政府对海岛特色旅游小镇的概念、选址、开发模式、发展方向、产业结构没有把握清晰，对国家政策理解不深入，其二，甚至有的地区将海岛特色旅游小镇的概念过度延伸，使其背离了本意；其三，还有的地方动起了其他心思，以建设和发展海岛特色旅游小镇的幌子申请补助，但把国家补助的资金用于和建设海岛小镇不想关的项目上；其四，也有的地区盲目搞特色小镇，随大流，生搬硬套其他小镇的发展模式，不考虑自身的发展状况。
