财务预算编制不合理
现如今，我国事业单位的预算编制普遍不合理，主要是由于编制人员在编制过程中没有对各项因素进行综合考量，导致预算编制太过简单、内容不明确且不具备系统的编制程序。另外，很多事业单位仅仅关注短期目标，而未重视长期目标，导致短期目标与长期目标相分离，在此情形下，事业单位的发展将受到重重磨难，只要对比预算与财务统计结果便可看出二者的巨大差异，即使及时调整预算也难以保障执行力。
财务预算编制工作水平较低
我国行政事业单位的财务预算编制工作包含了诸多职能机构，除了有助于单位达到更理想的预算管理效果外，还有利于推进各职能机构的资金编制进程。但是，在日常的预算编制过程中，很多单位仅仅把其归入到财务管理机构的职能范畴内，造成实际编制的时间不充足，进一步造成单位的预算编制计划不够科学合理，同时对自身年度财务收支情况展开的论证不具有合理性，从而使得预算编制工作的水平无法获得提升。
财务预算编制质量不高
预算编制是行政事业单位执行与控制预算的前提和基础，涉及多个部门，是一项需要严谨对待的工作。然而，目前部分行政事业单位的预算编制工作仅仅属于财务部门的工作范围，制时间也较为紧张，这使得财务预算编制内容较为简单，欠缺对全年收支情况的科学预测、详细规划和充分论证。
