阿合奇县充分发挥农民合作社作用，积极推动农民专业合作社发展。
实施宣传引社。利用乡镇巴扎等时机深入农村、市场大力宣传《农民专业合作社法》，通过发放宣传材料等形式增强广大农民依法办社的意识。鼓励专业大户、龙头企业及个人和组织创办农民专业合作社。
实施商标富社。深入开展商标宣传活动，提高合作社商标品牌意识，为合作社提供商标免费查询、申请、设计等“一条龙”服务，指导和帮助农民专业合作社运用商标战略开拓市场，申请注册农产品商标。
实施红盾护社。强化对化肥、种子、饲料等农资商品监管，完善农资商品质量监测和农资经营企业信用分类监管等制度，严厉打击查处制售假冒伪劣农资行为，确保农民专业合作社用上放心农资。
截至目前，阿合奇县在工商部门登记注册的农民专业合作社共59户，涉及种植、养殖、农业机械服务、林木培育等多个产业。
