目前，中医药尚未常规纳入国家传染病防治体系，国家疾控中心未设立中医药管理部门和中医药研究室，导致中医药未能常态化进入传染病防控的流调、监测、决策、规划、防治和研究全过程。
在传染病防控临床体系中，全国所有的传染病医院几乎都是西医主导，没有一家可以收治传染病的中医院和研究传染病的中医研究机构，疫情发生时中医医疗机构只能以协作单位的方式参与部分临床和研究工作，妨碍了中医药在防治新型传染病方面发挥作用、开展相关科学研究。
国家未建立中医药防疫研究体系，中医应对突发传染病的科技创新体制机制和实验条件不完善，即使有确切有效的方药也不能迅速开展高致病性病原微生物的筛选研究。
中医药系统在传染病防治方面，缺乏更好的机制和预案，往往临急上阵，准备不充分，力量分散，缺乏统一的科学决策机制。
为此，全国政协委员、广东省中医院副院长卢传坚建议，在国家、省、地市级疾控中心专门设立中医药管理部门和中医药研究室；在全国遴选并重点建设中医药防治传染病临床定点医疗机构，国家给予重点支持；建立中医药传染病研究体系，不断完善科技创新体制机制和研究条件；优化中医药防治传染病的工作预案，建立强有力的领导决策机制和专家咨询机制。
