生物肥料的主要功效是改善土壤环境，促进植物根系的发育。只要我们能知道植物根系的重要性，就能知道生物有机肥内含的多种功能性微生物进入土壤后，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，这些产物能够促进土壤团粒结构的形成。团粒结构的形成能使土壤变得疏松、绵软，保水保肥性能增强，水、气、热更加协调，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发展，为农作物提供舒适的生长环境。
当然，考虑微生物菌肥主要成分为生物活性菌，在使用过程中存在以下几方面不足：
1、见杀菌剂就死亡，不能与杀菌剂混合使用，防治根腐病、根癌等土传病害；
2、见紫外线就死亡，秋季施基肥时期为太阳紫外线质量好阶段，紫外线可以杀灭微生物菌肥里面的生物活性菌；
3，与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
另外，菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。土壤中有足够的有机物或腐殖质时才能被微生物菌利用，进而使土壤微生物快速繁衍，激活营养元素。微生物菌在土壤中作用主要是产生各种酶，分解各种养分，产生各种酸和二氧化碳，给作物提供更多养分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足够的有机质才行。所以我们提倡有机肥和和菌肥搭配使用！
