提供的材料不同
1、以公司名义申请注册需提供公司营业执照复印件并加盖公司的公章。
2、以个人名义申请注册需要提供个人身份证复印件、个体工商户营业执照复印件。
商标归属权不同
1、以公司名义申请注册，商标所有权归属公司。企业法人、股东等个人不享有该商标所有权，而且当公司清盘倒闭或注销时商标也会自然失去法律效力。
2、以个人名义申请注册，商标所有权归属个人，可以支配该商标的一切使用。
稳定性不同
1、以公司名义申请注册，商标的稳定性相比会不稳定些。申请时提供的材料信息包括了公司名称、地址，那么商标的信息也必须跟公司信息一致，当公司的名称或地址有一个变动都得对商标进行变更。
2、以个人名义申请注册，商标的申请人就是个人，地址可以是身份证上的地址也可以是通讯地址。个人身份证信息一般是不会变动的，那商标一般也就不需要做变更，稳定性相比更稳定。
所有权支配不同
1、以公司名义申请注册，商标的支配使用由公司决定。
2、以个人名义申请注册，个人享有商标的使用支配权。
申请主体名义要求不同
1、以公司名义申请注册，申请主体必须是《营业执照》上的企业名称，不能更改其它的。
2、以个人名义申请注册，个体户申请可以以其《个体工商户营业执照》登记的字号作为申请人名义提出商标注册申请，也可以以执照上登记的负责人名义提出商标注册申请。
