在进行系统发育分析时需要通过构建系统发育树来描述不同物种之间的进化关系，通过同源DNA的核苷酸序列或者同源蛋白质分子的氨基酸序列可以实现构建进化树。在系统发育分析中，最大似然法（ML）和贝叶斯法（BI）是对替换模型非常敏感的两种算法，因此利用ML法或BI法重建系统发育树前，核苷酸替换模型的选择是必不可少的过程；最大简约法（Maximum parsimony）不依赖任何进化模型，因此通过最大简约法构建系统发育树时，不需要此步骤。
同源序列替换模型的选择包括以下：
核苷酸替换模型的选择氨基酸替换模型的选择同时支持核苷酸和氨基酸替换模型的选择
Notes*：
蛋白质序列：由20个不同的字母（氨基酸）排列组合而成；核苷酸序列：由4个不同的字母（碱基）排列组合而成（DNA序列，RNA序列） <
