题主说的这种情况指的是一套能够开多个子账户的源码。
最简单的例子就是1688这样的行业网站，企业开个会员之后就会有一个子站，所有子站的功能其实都是一样的，只是后台给子账户的权限不同，功能就会有差别。页面模版也可以多种多样，这个都很简单。一般来说，一个子站都可以分配一个二级域名，也可以是主域名后面跟个目录名。
现在很多小程序商城也是这样的，一个总后台，也就是题主说的一套源码，然后可以来N多子账户，每个子账户是彼此独立的商城。
这个不是多个站点指向同一个根目录的问题，这个网站就一个根目录。每个子站也不会分一个独立的目录出来，技术上完全没有必要。如果是很多站点都需要独立域名的话，那只需要做一下域名映射就可以了。这样顶级域名就可以访问子站了，看起来跟一个独立网站一样。
