摄入蛋白质的25%-30%适用于满足皮肤及毛发生长更新所需。摄入蛋白质不足或某些氨基酸缺乏都会导致脱毛、毛发生长缓慢及普遍色泽暗淡易断，尤其是长毛猫。
黑色素的合成是毛发色素沉着的主要因素。这取决于前体氨基酸的充足摄入量，如络氨酸、苯丙氨酸及半胱氨酸。如果这些氨基酸缺乏，毛色会改变颜色。黑色的毛发转变为红色，但是橙色毛发则会变得更亮。
牛磺酸，一种动物性氨基酸，猫咪对其有特殊需求。除牛磺酸之外，猫咪不能用其他氨基酸来产生胆汁盐，而胆汁盐又是小肠消化脂肪所必须的，因此需要依靠食物，直接吸收牛磺酸。目前的推荐量是干粮中每千克干物质至少含1克的牛磺酸。在湿粮中，这个量加倍（2克牛磺酸/每千克干物质）。长期缺乏牛磺酸会引起视网膜的退化，甚至在几个月后导致失明。牛黄酸缺乏也会导致心脏问题，主要是心腔扩张，最后牛磺酸缺乏会影响繁殖生育：生育能力低下、胚胎吸收、流产、新生儿畸形及小猫生长发育问题等。
视网膜及心脏的损伤与牛磺酸缺乏或多或少都有联系，这取决于个体差异；一些动物没有任何症状出现。氨基酸缺乏的诊断需要测量牛磺酸在血液中的含量，牛磺酸含量太低则证明其缺乏。
越来越多的猫咪被饲养在室内，因此它们排泄物的气味，会让人很不舒服，尤其是在大肠部位，由于蛋白质降解而产生的副产物味道很大。限制猫咪蛋白质的摄入量是不可能的，因此最好的办法是尽可能地减少到达结肠的不可消化蛋白质，尽可能多的易消化性蛋白质（也就是提高肉的含量比）应该被用于控制粪便异味。
食物中必须提供必需氨基酸，因为猫咪无法自身合成这些氨基酸。狗需要的10种氨基酸，而猫需要11种，这包括猫对牛磺酸的需要。牛磺酸是1826年在牛的胆汁中发现的，这也是其命名的来源，它是一种含硫氨基酸，存在于大多数动物组织，主要是肌肉组织，动物心脏含量尤为丰富。
